Джонни Эванс родился 3 января 1988 года в Белфасте. начал карьеру в североирландском клубе «Гринайленд». Там же выступали его брат Корри и Крейг Каткарт до своего перехода в «Юнайтед». Скауты «Манчестер Юнайтед» заметили талантливого защитника и предложили ему переход в Академию «Юнайтед». Джонни хорошо зарекомендовал себя в академии, сыграв летом 2006 года в нескольких матчах зарубежного тура команды за резервистов, а также в товарищеских матчах против «Селтика» и «Престон Норт Энд». Первую половину сезона 2006/07 Эванс вместе с молодыми одноклубниками Дарроном Гибсоном, Дэнни Симпсоном и Фрейзером Кэмпбеллом провёл в аренде в бельгийском «Антверпене».

В декабре 2006 года Эванс перешёл в английский «Сандерленд» на правах аренды до конца сезона 2006/07.. В январское трансферное окно 2007 года к Эвансу в «Сандерленде» присоединился Дэнни Симпсон, также на правах аренды. Пара молодых защитников помогла «чёрным котам» занять первое место в Чемпионшипе, причём Эванс выиграл приз «молодой игрок сезона». Главный тренер «Сандерленда» Рой Кин хотел перезаключить арендное соглашение по Эвансу на следующий сезон, который его команде предстояло провести в Премьер-лиге, но в июне 2007 года «Манчестер Юнайтед» заявил, что Эванс остается в клубе.

4 января 2008 года Эванс вновь перешёл в «Сандерленд» на правах аренды и сразу же попал в основной состав команды. В первой же после своего перехода игре Эванс провёл на поле все 90 минут. Это был матч Кубка Англии против «Уигана», в котором «Сандерленд» проиграл со счётом 0:3. Эванс подвергся критике за свою ошибку в обороне, которая привела ко второму голу «Уигана»Эванс дебютировал за основной состав «Манчестер Юнайтед» 26 сентября 2007 года в матче Кубка Лиги против «Ковентри Сити». Дебютный матч Эванса выдался неудачным: «Юнайтед» проиграл со счётом 0:2.

7 ноября Эванс вышел на замену Жерару Пике в матче Лиги чемпионов УЕФА против киевского «Динамо», а 12 декабря оказался в стартовом составе в игре с итальянской «Ромой».В сезоне 2008/09 Эванс влился в основной состав «Юнайтед», заменяя при необходимости двух основных центральных защитников клуба, Рио Фердинанда или Неманью Видича. 17 сентября 2008 года Джонни сыграл в матче Лиги чемпионов против «Вильярреала», завершившегося безголевой ничьей, а четыре дня спустя дебютировал за «Манчестер Юнайтед» в Премьер-лиге в матче против «Челси», заменив в центре обороны дисквалифицированного Неманью Видича. Встреча закончилась со счётом 1:1. В декабре 2008 года Эванс выходил на замену в двух матчах на клубном чемпионате мира, включая финальный матч, в котором Видич был удалён в начале второго тайма.

7 мая 2010 года Джонни Эванс подписал новый четырёхлетний контракт с «Юнайтед». Всего он провёл за «Манчестер Юнайтед» 198 матчей и забил 7 мячей. В составе команды он стал трехкратным чемпионом Англии, дважды выиграл Кубок лиги и стал обладателем медали победителя Лиги чемпионов УЕФА. 

В августе 2015 года Эванс перешел в "Вест Бромвич" за который выступал 3 сезона, а затем перебрался в "Лестер" за который выступал до 2023 года, после чего получил статус свободного агента.

1 сентября 2023 годаа  Эванс вернулся на "Олд Траффорд" подписав с роднымклубом годичный контракт.