Рафаэль Ксавье Варан родился 25 апреля 1993 года в Лилле. Свою футбольную карьеру начал  в возрасте 7 лет, играя за местный клуб AS Hellemmes. Проведя два года в этом клубе, в июле 2002 года он присоединился к профессиональному  футбольному клубу "Ланс" где продолжил своё футбольное образование.В сезоне 2010-11 Варан дебютировал в основном составе "Ланса" и провел за него в общей сложности 23 матча, в которых отметился двумя забитыми мячами.

Летом 2011 года испанский клуб «Реал Мадрид» выкупил футболиста за 10 млн евро. 27 июня Варан подписал шестилетний контракт с «Реалом». Дебют Варана в Ла Лиге произошел в матче с «Расингом». Варан провел на поле все 90 минут, а матч закончился со счетом 0:0. В следующем матче с «Райо Вальекано» Варан так же вышел в стартовом составе, провел все 90 минут на поле и забил свой первый гол за «Реал Мадрид» на 67 минуте, его команда тогда победила 6:2. В сезоне 2011/12 Варан провел в чемпионате 9 матчей и забил 1 гол, ещё 4 матча он провёл в Лиге чемпионов и 2 матча — в Кубке Испании.Всего за королевский клуб Варан провел более 300 матчей и забил 17 мячей. В составе «Реала» Рафаэль провел 10 лет и за это время  трижды становился чемпионом Испании, по четыре раза выигрывал Лигу чемпионов УЕФА и Клубный чемпионат мира, трижды выигрывал Суперкубок Испании и Суперкубок УЕФА, а также один раз выиграл Кубок Испании.

27 июля 2021 года было объявлено, что «Манчестер Юнайтед» и «Реал Мадрид» достигли соглашения о трансфере Варана в сумме 34 млн. фунтов, и окончательно трансфер будет оформлен после прохождения игроком медобследования и согласования условий личного контракта.Трансфер был завершен 14 августа 2021 года, после того, как Варан был   официально представлен в качестве игрока "красных дьяволов" перед переполненными трибунами "Олд Траффорд" перед стартовым свистком встречи первого тура английской Премьер-лиги против "Лидса". Он будет выступать в команде под 19-м номером, под которым он играл в своем первом сезоне в мадридском "Реале".