Скотт МакТомини родился 8 декабря 1996 года в английском Ланкастере. Скотт был связан с академией «Манчестер Юнайтед» с 5-летнего возраста, когда начал посещать клубный центр футбольного развития в Престоне. В самом начале своей карьеры выступал на позиции центрфорварда, но тренер резервистов «Юнайтед» Уоррен Джойс превратил его в центрального полузащитника. В юле 2013 года он подписал с клубом свой первый профессиональный контракт.

Между 2013 и 2015 годом Скот провел 7 матчей за клубную команду «Манчестер Юнайтед» до 18 лет, но ему было очень тяжело играть из-за своего маленького роста. Большую часть сезона 20114-15 Скотт пропустил из-за травм и проблем своего физического развития, поскольку менее чем за два года его рост увеличился на 25 см.

В сезоне 2015-16 Скотту вновь пришлось сражаться за место в составе, и он провел 11 матчей за клубные команды до 19 и до 21-го года, прежде чем в следующем сезоне прочно утвердился в команде резервистов «Юнайтед», проведя за них 21 матч и забив 3 гола, что привело к его привлечению к играм за первую команду. 30 апреля 2017 года МакТомини был назван в числе запасных на матч Премьер Лиги против «Суонси», а 7 мая 2017 года он дебютировал в чемпионате Англии, выйдя на замену в матче против лондонского «Арсенала», прежде чем оказаться в стартовом составе команды на последний матч сезона против «Кристал Пэлас», в котором команда победила со счетом 2-0.

Летом 2017 года Жозе Моуринью включил МакТомини в предсезонное турне команды в США и на матчи против «Волеренги» и «Сампдории», и в матче с норвежским клубом юный шотландец отличился, когда после выхода на замену забил свой первый гол за команду. С началом регулярного сезона МакТомини продолжает периодически привлекаться к матчам первой команды.